- Lãnh đạo Trung tâm gồm:
+ 01 Giám đốc và 03 Phó Giám đốc.
-Các phòng, trại thuộc Trung tâm:
+ Phòng Tổ chức – hành chính;
+ Trại Thực nghiệm sản xuất Giống hải sản;
+ Trại Thực nghiệm sản xuất Giống thủy sản;
+ Trại Thực nghiệm sản xuất Giống cây trồng, vật nuôi.